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* Replication Files to: P-hacking in clinical trials and how incentives shape the distribution of results across phases 
* Date: April 2020
* Authors: Jérôme Adda, Christian Decker, and Marco Ottaviani
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* Topic: MASTER DO-FILE
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* Table of content: *
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* Sections: 
* 2. Construct Datasets
* 3. Linking Phases
* 4. Estimation of Selection Functions
* 5. Couterfactual Analysis
* 6. Discontinuity Tests
* 7. Robustness Check: Analysis of Secondary Outcomes
* 8. Delete Interim Data Files

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* Section 0 -- Directory *
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clear all
clear matrix
cap log close
set more off

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* 0.1 *
*-----*

* Run the dofiles which defines all the globals for the folder's and sub-folders
* paths to both data and analysis.

if c(username) == "chrdec" {													
	do "C:/Users/chrdec/Dropbox/clinical trials/stata/PNAS revision/2_analysis/dofiles/0_globals.do"   			// 0_globals.do path

}

*-----*
* 0.2 * 
*-----*

* Set up the directory where dofiles are stored
macro list
cd "${run}${dofiles}"


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*---------------------------------*
* Section 2 -- Construct Datasets *
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display "START: $S_TIME  $S_DATE"

do 2_generate_dataset

display "END: $S_TIME  $S_DATE"
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*-----------------------------*
* Section 3 -- Linking Phases *
*-----------------------------*
display "START: $S_TIME  $S_DATE"

do 3_linking_phases

display "END: $S_TIME  $S_DATE"
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*------------------------------------------------*
* Section 4 -- Estimation of Selection Functions *
*------------------------------------------------*
display "START: $S_TIME  $S_DATE"

do 4_selection_functions

display "END: $S_TIME  $S_DATE"
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*--------------------------------------*
* Section 5 -- Counterfactual Analysis *
*--------------------------------------*
display "START: $S_TIME  $S_DATE"

do 5_counterfactual_analysis

display "END: $S_TIME  $S_DATE"
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*----------------------------------*
* Section 6 -- Discontinuity Tests *
*----------------------------------*
display "START: $S_TIME  $S_DATE"

do 6_discontinuity_tests

display "END: $S_TIME  $S_DATE"
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* Section 7 -- Robustness Check: Analysis of Secondary Outcomes *
*---------------------------------------------------------------*
display "START: $S_TIME  $S_DATE"

do 7a_SECONDARY_generate_dataset
do 7b_SECONDARY_selection_functions
do 7c_SECONDARY_discontinuity_tests

display "END: $S_TIME  $S_DATE"
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* Section 8 -- Delete Interim Data Files *
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local interimfiles : dir "${data}${inter}"  files "*.dta"

foreach file in `interimfiles' {
	erase "${data}${inter}`file'"
}
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